单细胞悬液测序是能够在单细胞层面进行高分辨率分析，避免了传统基因组技术平均信号产生的结果误差，是能够揭示单个细胞的状态和功能。
由于不同类型的组织细胞有着不同的细胞组成，也有着不同的细胞排列方式，而这也就进一步的导致了组织细胞在悬液制备时，有着不同的实验条件。然而单细胞悬液的实验结果也都是不定符合需求。
如若细胞直径为6-8μm的细胞占比比例较高，且核率较低，则表明红细胞含量可能较高，因此需要对其进行红细胞裂解。如若红细胞裂解仍然不干净，则不建议继续增加裂解系统，可以适当的延长裂纹时间或是增加裂纹次数。
细胞结块率高的主要原因是组织没有完全消化或是细胞释放的DNA导致细胞的粘连；所以是有必要采取一定的措施将其进行优化，如调整消化条件、DNA酶治疗和轻微吹细胞团等措施进行操作。
如若发现细胞组织的活性较低，是需要通过去除死细胞的实验来提高样品活性。一般来说，死细胞去除在60%-75%的细胞活性范围内是会具有较好的效果。
有时，在获得细胞悬液后，如若这些参数不符合预期效果，则需根据具体情况去进行优化，例如细胞活率、结团率、浓度、直径分布等参数，但在优化操作中，切记其优化方法操作是正确的，避免错误的优化方法对细胞组织带来的损耗。
