随着二代单细胞测序技术和三代测序技术的快速发展，生物研究领域发生了巨大的变化。在过去，想要从大量细胞中获得足够多的细胞DNA进行测序，因此测序的结果是这些细胞“整体”的表征；然而，由于细胞的异质性，同一表型细胞的遗传信息可能会存在差异，许多低丰度信息将在整体表征中丢失；而单细胞测序技术的应运而生，解决了传统高通量测序带来的的局限性。
单细胞悬液测序技术是指对在单个细胞上，对基因组、转录组、表观组进行的高通量测序分析的新技术。它可揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞之间的异质性，在肿瘤、发育生物学、微生物学、神经科学等行业领域发挥了重要作用。
单细胞测序技术的应用
1、应用于肿瘤研究
深圳华大基因研究所在肿瘤研究方面取得了突破性进展，并在国际着名学术期刊《细胞》上发表了研究论文。这项工作开发了一种解析单细胞基因组的新方法，并将其应用于肿瘤内部遗传特征的研究，研究原发性血小板增多症和肾透明细胞癌；这种新方法解决了以前无法解决的高肿瘤异质性问题，为深入研究癌症的发生、发展机制和诊断提供了新的研究思路和研究方向。
研究人员在单细胞水平上分析了脑瘤的基因组，并在人脑瘤样本中确定了癌症干细胞及其分化后代。研究人员分析了6个早期少突胶质细胞样本的4000多个肿瘤细胞，发现肿瘤细胞可分为三类。其中一个更像神经干细胞，另外两个有一定的分化特征。结果表明，癌症干细胞是少突胶质细胞瘤的主要生长来源，这些细胞将成为有前途的治疗目标。
2、应用于微生物的研究
在微生物领域，单细胞测序也取得了重大突破。2017年，来自美国的2017年UCSF原核生物实现了微生物单细胞悬液测序技术。
