2016年，10x Genomics公司推出ChromiumTM系统，这是一套分子条形码和分析系统，由仪器、试剂盒和信息学软件组成，能够对接Illumina测序仪。
腺相关病毒( AAV )因其二进制生命周期而被识别，其有效复制依赖于与腺病毒( Ad )的共同感染，并且AAV潜伏期是在没有辅助病毒的情况下建立的。从潜伏期到Ad依赖性AAV复制的转变主要是在转录水平上调节的。目前的AAV转录本显示了当与Ad共同感染时发现的高度表达的转录本。到目前为止，AAV转录物仅在AAV单链DNA基因组的阳性链上被鉴定。假设AAV负链没有被转录。
来自Charité医学院的研究人员，德国应用基于Illumina的RNA测序(RNA-Seq)在Ad存在或不存在的情况下表征整个AAV2转录组。他们发现已知和鉴定的新型AAV转录物，包括额外的剪接变体，其中导致新的18-kDa Rep / VP混合蛋白的表达。此外，实验研究人员发现AAV负链上的转录在p5启动子上游具有聚集读数，通过cDNA末端的5'快速扩增和RNase保护测定证实。p5启动子在两个方向上显示出相当大的活??性，这是发现转录不同的发现。在单独用AAV感染后，两种AAV链的低水平转录是可检测的并且在用Ad共感染时强烈刺激。
新一代测序(NGS)允许对转录谱进行无偏的全基因组分析，此处用于在潜伏期和生产性感染期间对AAV2转录组进行深入分析。单细胞RNA-Seq测序分析导致发现新的AAV转录物和剪接变体，包括衍生的新型18-kDa Rep / VP混合蛋白。出乎意料的是，发现了来自AAV负链的转录，表明来自p5启动子的不同转录。这一发现为AAV延迟和高效复制之间切换的新概念打开了大门。在没有合适的动物模型来研究体内AAV的情况下，结合细胞和计算机研究将有助于推进对独特的二分AAV生命周期的理解。
RNA-Seq：AAV2基因组的两条链上的作图和转录分析。
(A)AAV2特异性RNA-Seq的覆盖图谱在27hpi时读取AAV2 / Ad2-共感染细胞的AAV2基因组。AAV2基因组量表显示在中心。
映射到正链的读数如上所示，映射到负链的读数如下所示。(B)如图A中所示。呈现27hpi的AAV2感染细胞的RNA-Seq读数。注意图A和B中读数计数的不同比例。(C)RNA-Seq读数的映射以poly(A)尾结束。相对于AAV2 / Ad2-共感染细胞的数据集中多腺苷酸化AAV读数的总和显示poly(A)添加的基因组位置。(D)反向AAV2 p5区的启动子活性。上部显示AAV2基因组，其具有p5，p19和p40启动子的转录起始位点的核苷酸位置(黑色箭头)。(E)AAV的5RACE分析减去链转录。显示来自AAV负链(核苷酸330至170)的克隆5RACE产物的DNA序列的TSS(箭头)。单个TSS在基因组上方显示为黑色方块。显示AAV正链上的第287位(灰色箭头)处的p5启动子TSS的取向。(F)用有义方向覆盖AAV2 170至250(左侧部分)或AAV2 170至340(右侧部分)的体外转录杂交探针进行RNase保护测定，以检测总AAV减去链转录物来自HeLa细胞的RNA模拟感染，AAV2感染，Ad2感染或AAV2 / Ad2共感染27小时。单个TSS在基因组上方显示为黑色方块。显示AAV正链上的第287位(灰色箭头)处的p5启动子TSS的取向。(F)用有义方向覆盖AAV2 170至250(左侧部分)或AAV2 170至340(右侧部分)的体外转录杂交探针进行RNase保护测定，以检测总AAV减去链转录物来自HeLa细胞的RNA模拟感染，AAV2感染，Ad2感染或AAV2 / Ad2共感染27小时。
单个TSS在基因组上方显示为黑色方块。显示AAV正链上的第287位(灰色箭头)处的p5启动子TSS的取向。(F)用有义方向覆盖AAV2 170至250(左侧部分)或AAV2 170至340(右侧部分)的体外转录杂交探针进行RNase保护测定，以检测总AAV减去链转录物来自HeLa细胞的RNA模拟感染，AAV2感染，Ad2感染或AAV2 / Ad2共感染27小时。
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