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    使用RNA-seq进行基因组支架放置，校正装配和遗传
    行业新闻 2018-12-20

           使用RNA-seq进行基因组支架放置，校正装配和遗传图谱创建 

    　　芜菁(Brassica rapa)是农业，生态，进化和转化研究的模式物种。

    　　这里的研究人员来自加州大学戴维斯分校描述了从田间收集的RNA-seq数据衍生的芸苔属rapa重组近交系(RIL)群体的高密度SNP发现和遗传图谱构建。这种高密度基因型数据能够检测和纠正推定的基因组错误组装，并将支架序列准确分配到它们可能的基因组位置。

    使用RNA-seq进行基因组支架放置，校正装配和遗传图谱创建

    　　这些组装改进代表注释的芸苔属rapa基因组的7.1-8.0%。他们展示了如何使用这种新资源导致QTL分析显着改善目前的低密度遗传图谱。通过增加的绘图分辨率和通过已知的基因组坐标锚定用于候选基因发现的标记来实现改进。

    使用RNA-seq进行基因组支架放置，校正装配和遗传图谱创建

    　　复合群体基因型图谱与十条染色体中每条染色体的物理位置相对应。每个RIL表示为显示从IMB211(橙色)或R500(蓝色)遗传的基因组区域的单行。小的杂合区域用黑色表示。

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